El F.C. Aguilarense encara la nueva temporada 2012-2013 con muchas innovaciones en su estructura deportiva que condicionarán la alineación de un equipo  que  se encuentra ya realizando  la pretemporada con diversos partidos con club de la comarca y provincia.

La nueva plantilla cuenta con una veintena de futbolista, estando conformada mayoritariamente por jugadores de Aguilar, salidos de la cantera de las escuelas de fútbol, lo que le otorga mayor entidad local al proyecto deportivo de este año. Espera la Directiva  que, ante la nueva realidad, impuesta por la situación económica, se  pueda mantener el nivel deportivo de otros años. Para este fin se cuenta con un equipo técnico compuesto de Entrenador, Preparador Físico y Delegado, procedentes de Córdoba. 

Sin duda la principal novedad de la temporada la constituye la división jurídica y económica  entre el equipo del F.C Aguilarense y las Escuelas de Fútbol, situación que ha generado algunos problemas, como el de que, al no ser filiales las Escuelas del Club,  los jovenes de las categorías inferiores no pueden ser traspasados directamente al F.C. Aguilarense, situación que requerirá de un entendimiento entre ambas  entidades, si lo que se quiere es promocionar a los futbolistas locales.